Die Bürgerstiftung Weimar begann 2004 ihre Arbeit mit wissenschaftlicher Methode: Nach einer Marktanalyse in der Stadt wurde der große Bedarf verschiedenster öffentlicher Einrichtungen für ehrenamtliches Engagement überdeutlich. Da der Wille der Bürger zum freiwilligen Helfen jedoch mindestens ebenso groß war, führte die Bürgerstiftung die Bereitschaft und den Bedarf in der EhrenamtsAgentur zusammen.
Seit August 2005 arbeitet die Agentur mit einer hauptamtlichen Mitarbeiterin in Weimar und wird aus Mitteln der Thüringer Ehrenamtsstiftung, der Stadt Weimar und Spendengeldern finanziert. Ein zweites wichtiges Standbein der Bürgerstiftung Weimar bildet der Kinder- und Jugendfonds, der sowohl Projekte und Ideen von Kindern und Jugendlichen für ihresgleichen in Weimar fördert, als auch bedürftige junge Menschen direkt unterstützt. Darüber hinaus fördert die Bürgerstiftung Weimar Projekte wie den Ferienpass Weimar, der Kindern zwischen 7-14 Jahren ein vielfältiges Freizeitangebot vermittelt.